나가사키현은 일본의 서부, 규슈의 서남부에 위치하며 동지나해에는 고도열도가, 겐카이나다에는 이키와 쓰시마가 있으며, 대한해협을 사이에 두고 한국과 접해 있다. 이 가운데 쓰시마시와 부산시는 49.5km 거리에 있어 날씨가 좋으면 쓰시마시의 북쪽해안에서 부산시의 해안과 야경을 볼 수 있다. 나가사키현의 육지면적은 약4,095.55ｋ㎡로 일본의 도도부현 가운데 37번째로 작은 현이지만 섬과 리아스식 해안이 많으며 해안선의 총 길이는 4,203ｋｍ(2006년 3월 31일 현재)로 일본에서는 홋카이도에 이어 2위다. 기온은 난류의 영향으로 연간 최고, 최저의 온도차가 적고, 평균기온은 18.0℃(2007년 나가사 키시)다. 역사적으로 보면 에도시대 막부는 쇄국정책을 취했지만, 나가사키는 데지마에서 네덜란드, 중국과의 통상을 인정 받았고, 쓰시마에서는 한반도와의 교역과 총12회에 걸쳐 조선통신사를 맞이하는 등 국제적인 무역과 외교도시로서 독특한 발전을 해왔다.